Ngày đầu thiết lễ tiên thường, ngày sau là lễ tế chính thức. Trong ngày lễ, bàn thờ được trang hoàng hết sức rực rỡ, trang nghiêm. Các nhà đều đặt bàn hương án bày đồ lễ cúng. Trên mỗi tàu thuyền đều chăng đèn kết hoa. Làng chọn ra một ban nghi lễ gồm các cụ cao niên, hiền đức, có uy tín với bạn chài và không bị mắc tang chế. Vị chánh bái dâng đồ tế lễ (không được dùng hải sản) và đọc văn tế nói lên lòng biết ơn của dân làng đối với công đức Cá Ông và cầu mong mùa đánh bắt bội thu, thuyền bè đi khơi về lộng an toàn.

Rạng sáng ngày hôm sau, dân làng đánh trống làm lễ rước trên biển. Có nơi còn tổ chức lễ rước Ông từ làng này qua làng khác để bày tỏ sự đoàn kết giữa các vạn chài. Tất cả tàu thuyền ra khơi đến một vị trí đã định trước và vị chánh tế tổ chức “xin keo”. Đó là lễ Cá Ông chứng dám lòng thành của ngư dân ngoài biển. Vào nửa đêm hôm đó, dân làng làm lễ chánh tế bao gồm lễ khai mõ, đội học trò dâng hương. Về phần hội, tuỳ điều kiện, mỗi địa phương có một hình thức tổ chức riêng, nhưng cũng đều là các trò chơi dân gian vùng biển: lắc thúng, đua thuyền, bơi lội, kéo co, đá bóng... Về văn nghệ, ngoài hát tuồng, hát hò khoan, còn có một hình thức múa hát đặc trưng của Lễ hội Cầu ngư là múa hát bả trạo (bả: nắm, trạo: chèo đò) diễn tả tinh thần đoàn kết giữa các thành viên trong một con thuyền, vượt qua sóng to gió cả, mang về một mùa bội thu cho ngư dân.

Lễ hội Cầu ngư bày tỏ khát vọng được bình yên trong cuộc sống của ngư dân, những con người luôn phải đối mặt với nhiều bất trắc khi lênh đênh trên biển cả.